Najstarsze znane wzmianki o modlnickim dworze pochodzą z inwentarza spisanego w 1582 roku, wówczas gdy należał do Mikołaja Salomona.Była to duża, piętrowa budowla, wykonana z drewna na murowanym fundamencie, która obok mieszkalnych spełniała również funkcje obronne. Losy tego dworu nie są znane. Następne informacje pochodzą dopiero z roku 1752 i dotyczą budowli znacznie mniejszej, co do której należy przypuszczać, że została zbudowana na fundamentach poprzedniej.

Dwór istniejący obecnie został wybudowany na miejscu poprzedniego, przez Józefa Konopkę w latach 1784-1787 (architekt Karol Kriszkier). Przebudowa w latach dwudziestych XIX wieku nadała budynkowi typowy klasycystyczny wygląd z 4-kolumnowym portykiem (gankiem) i tradycyjnym wysokim dachem mansardowym. Środkowa część fasady północnej (od strony ogrodu) ozdobiona została 6-kolumnowym portykiem wgłębnym, dość charakterystycznym w elewacjach polskich dworów szlacheckich pierwszej połowy XIX wieku, nawiązującym zarówno do warszawskich Łazienek jak i do tradycji budownictwa podcieniowego. Interesującym elementem jest również przylegający do dworu od strony wschodniej arkadowy dziedzińczyk oraz czworoboczna wieżyczka.

Od strony północnej i wschodniej dwór jest otoczony rozległym parkiem, opadającym ku zachodowi czterema tarasami, którego założenie datuje się na wiek XVI. Później, zwłaszcza w XVIII i XIX wieku ogród był parokrotnie rekomponowany. Dziś jego główną wartością jest zachowany częściowo stary drzewostan. Nie zachowały się natomiast, znajdujące się w bliskim sąsiedztwie dworu od strony wschodniej, zabudowania gospodarcze, z których najciekawszy był pochodzący z 1794 roku drewniany spichlerz. Zachował się, całkowicie przebudowany w latach sześćdziesiątych, murowany lamus, mieszczący dziś pokoje gościnne.

W okresie powojennym dwór uległ zniszczeniu i dewastacji. Przekazany w 1959 roku - upamiętnia to tablica wmurowana w fasadę - Uniwersytetowi Jagiellońskiemu, został w latach 1960 -1964, z okazji jubileuszu 600-lecia Uczelni, starannie odnowiony z zachowaniem wszystkich cech minionej epoki. Nowy właściciel kosztem znacznych nakładów finansowych zadbał również o modernizację instalacji technicznych, wprowadzając w 1985 roku ekologiczne ogrzewanie gazowe oraz budując nowe doprowadzenie wody.

Od lat sześćdziesiątych dwór w Modlnicy funkcjonuje najpierw jako Dom Pracy Twórczej Uniwersytetu Jagiellońskiego, potem jako filia Muzeum UJ. Od 1995 roku dwór spełnia rolę Ośrodka Konferencyjno-Recepcyjnego Rektora UJ, działającego w ramach Centrum Badań i Imprez Naukowych, z zachowaniem zabytkowego charakteru wnętrz i ekspozycji.

Dawne wyposażenie dworu nie zachowało się. W 1947 istniały jeszcze sufity z faseta, klasycystyczne posadzki w kilku pomieszczeniach oraz klasycystyczne elementy stolarki okiennej i drzwiowej. Obecnie jedyną pozostałością dawnego wyposażenia są trzy kominki.

Ekspozycja i obecny wystrój prezentują typowe urządzenie dworu szlacheckiego z XVIII i XIX wieku. Całość uzupełniona jest kolekcją malarstwa w duchu sarmatyzmu (XVII-XVIII w.) i pracami Jerzego Fedkowicza (1891 - 1939). Na uwagę zasługuje między innymi salonik myśliwski ze zbiorem łowieckich trofeów i kolekcją pochodzących z XVIII wieku grafik o tematyce myśliwskiej, ofiarowanymi Muzeum UJ przez Adama Konopkę, ostatniego właściciela majątku.

Ośrodek Konferencyjno Recepcyjny Rektora UJ oferuje swoje pomieszczenia wszystkim zainteresowanym organizacją konferencji, sympozjów naukowych i innych spotkań o charakterze kameralnym. W razie potrzeby jest również udostępniana aparatura do tłumaczenia symultanicznego. Ośrodek prowadzi działalność gastronomiczną. Kuchnia słynie ze znakomitego menu, uwzględniającego życzenia klientów. Istnieje możliwość zakwaterowania gości w tzw. Dworskim Lamusie.

Swoista atmosfera XVII wiecznego dworu polskiego otoczonego parkiem służy zarówno skupieniu, jak i może stanowić miejsce znakomitego odpoczynku.