Dzieje Modlnicy, która leży obecnie nieomal na przedmieściach Krakowa, sięgają początków chrześcijaństwa na ziemiach polskich.

                  

Legenda głosi, że św. Wojciech w drodze z Pragi czeskiej, zatrzymał się na jakiś czas w osadzie, która stała się później Krakowem i tam głosił kazania. Wyruszywszy stamtąd dotarł do miejsca zwanego Zagórze, gdzie w tzw. "Świętym Gaju" nawracał ludzi głosząc Ewangelię. Na pamiątkę tego wydarzenia nazwano to miejsce Modlnica - od modlitw św. Wojciecha.

Wspomina tę legendę wybitny polski etnograf Oskar Kolberg. Kiedy miejscowa ludność dowiedziała się o męczeńskiej śmierci św. Wojciecha w trakcie jego wedrówki do Prus, wybudowała w "Świętym Gaju" niewielką kamienną kapliczkę poświęconą Biskupowi - Męczennikowi. Z przekazów historycznych wynika, że około roku 1150 wzniesiono w Modlnicy pierwszy drewniany kościółek czy raczej kaplicę.

                  

Oto jak na przestrzeni lat zmienał się kościółek...

• 1326 do 1327 pierwsza wzmianka o istniejącej Parafii p.w. św. Wojciecha w Modlnicy.
• 1440 Jan Długosz podaje w swym dziele "Liber Beneficiorum" opis Parafii i kościoła w Modlnicy.
• 1549 do 1550 Mikołaj Salomon, właściciel dóbr Modlnickich funduje dzwony istniejące do dziś.
• Wiek XVI - wykonanie tabernakulum z drewna hebanowego w kształcie rotundy o czterech kolumnach toskańskich.
• XVI wiek - wykonanie także renesansowej polichromii. Na stropie malowane kasetony o zróżnicowanych kształtach.
• 1622 Katarzyna Kucharska - właścicielka Tomaszowic domurowuje murowaną, barokową kaplicę od strony północnej kościoła p.w. św. Anny z tryptykowym ołtarzem św. Anny.
• XVII wiek - wykonanie barokowej ambony. W tymże wieku zostaje wykonana czarna, barokowa chrzcielnica - dzieło Zieloskich. Zostaje także nabyty boczny ołtarz renesansowy, niderlandzki, a także drugi boczny ołtarz barokowy.
• 1723 - wybudowanie wielkiego ołtarza w kościele - w stylu barokowym.
• 1779 - właściciel Modlnicy Stanisław Łętowski przeznacza fundusze na wykonanie wzmocnienia ścian kościoła słupami i żelaznymi śrubami oraz obicie ścian deskami.
• 1819 - Wymurowanie ścian kościoła staraniem właściciela Modlnicy T. Konopki.
• 1840 - w kaplicy w miejsce tryptykowego ołtarza św. Anny umieszczono wizerunek Zbawiciela na Krzyżu.
• 1879 - wykonano posadzkę marmurową w kaplicy oraz zbudowano nowy ołtarz wg. projektu artysty rzeźbiarza R. Łapczyńskiego. Odtworzono także polichromię w kaplicy na sklepieniu i ścianach - dokonał tego Marceli Karasymowicz z Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie pod kierunkiem prof. W. Łuszczkiewicza - dyr. Muzeum Narodowego w Krakowie.
• 1905 - wykonanie nowej polichromii na ścianach i stropie we wnętrzu kościoła przez Włodzimierza Tetmajera w stylu Młodej Polski.
• 1953 - Odnowienie polichromii kościoła za staraniem Ks. W. Mięso - pod kierunkiem prof. Antoniego Makarewicza konserwatora wojew. Odsłonięcie starej XVI polichromii.
• 1970 - remont kościoła i jego kompleksowe odnowienie za staraniem Ks. Stanisława Stanaszka - z funduszów Parafian i dotacji państwowych (remont dachu - wieżyczki, obicie kościoła deskami, konserwacja, odnowienie polichromii ołtarzy)